1、绿肥的翻耕时期
绿肥翻耕时期，应掌握在鲜草产量最高和肥分总含量最高时期进行。翻耕过早，虽然植株柔软多汁，容易腐烂，但是鲜草产量低，肥分总含量也低，反之，翻耕过迟，植株趋于老熟，木质素、纤维素增加，腐烂分解困难。
2、翻耕深度与分解速度
绿肥分解主要靠微生物活动，因此，翻耕深度应考虑到微生物在土壤中旺盛活动范围以及影响到微生物活动的各种因素。微生物活动一般以10.0—16.7厘米深度比较旺盛，故耕翻深度也应该以此为准则。
3、掌握绿肥分解特点
幼嫩的绿肥作物，特别是易分解的豆科绿肥如紫云英，初期分解快，持续时间较短。紫云英这类绿肥作为基肥，后期常有拖肥现象，应注意后期补施人粪尿、硫酸铵等速效氮肥。而像田菁、怪麻等，前期分解慢，坐基肥初期可能养分供应不足，需配合施用速效氮肥，其次豆科绿肥含氮较多，故需要配合施用磷、钾肥。
4、防止毒害作用
①有机酸的毒害
②硫化氢的毒害
③亚铁离子的毒害